Shuten Order sitúa su historia en un mundo al borde del colapso, donde una secta religiosa ha formado su propio estado.
La investigación se divide en cinco rutas diferentes, cada una vinculada a un sospechoso y con un género de juego único: sigilo y terror, misterio detectivesco, novela visual de múltiples perspectivas, aventura romántica y pruebas de escape extremas.